答案：B
 

解析：根据所学知识可判断，“自由人”主要指白人，“其他人口”指的是黑人和印第安人等，这样的规定显示它们是不平等的，这种不平等显然不是州的不平等，而是种族的不平等。故排除D项。
主权在民强调的是国家的一切权力来源于人民的授予，国家权力尊重和保障公民的权利与自由，A项显然不符合题意，应排除。
美国1787年宪法规定各州应该怎么做，强调的是中央集权，而非各州自治原则，故C项应排除。
材料中规定“按自由人总数加上所有其他人口的五分之三予以确定”，其中的“自由人总数”实际上对人的权力划了等级，有了歧视，违背了天赋人权原则。故B项正确。
故选：B。
本题考查美国1787年宪法。考查美国1787年宪法的内容和体现的原则，学生解读材料、运用所学知识解决问题的能力。
本题关键信息“自由人”和“所有人口的五分之三”。天赋人权指的是：指自然界生物普遍固有的权利，并不限由法律或信仰来赋予的。主权在民强调的是国家的一切权力来源于人民的授予，国家权力尊重和保障公民的权利与自由。